Este museo, que está situado muy cerca del teatro y anfiteatro romanos, alberga la Colección de Prehistoria (Praemérita) y la Colección de Geología (Geomérita). La primera muestra la importancia de las tierras de Mérida y la comarca desde el Paleolítico, impulsada por la riqueza de las Vegas del Guadiana. Está formada por múltiples objetos prehistóricos procedentes de numerosos yacimientos de los alrededores. La segunda colección se distribuye en dos salas y está formada por minerales, rocas y fósiles aportados por el geólogo Vicente Sos Baynat.

Otros museos de interés en Mérida: el Museo de Arte Visigodo o el Museo de Arte Romano.

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